中華民國動物防疫機關（台灣、澎湖、金門、馬祖地區）

中華民國動物防疫主管機關單位，包括台灣與福建省縣市地區的防疫所、防疫處、保護處、防治所與建設局等單位之清單列表如下：

台灣省島地區

台灣北部

• 基隆市動物保護防疫所
• 新北市政府動物保護防疫處
• 臺北市動物保護處
• 桃園市政府動物保護防疫處
• 新竹市動物保護及防疫所
• 新竹縣家畜疾病防治所
• 苗栗縣動物保護防疫所

台灣中部

• 臺中市動物保護防疫處
• 南投縣家畜疾病防治所
• 彰化縣動物防疫所
• 嘉義市政府建設處
• 嘉義縣家畜疾病防治所
• 雲林縣動植物防疫所

台灣南部

• 臺南市動物防疫保護處
• 高雄市動物保護處
• 屏東縣家畜疾病防治所

台灣東部

• 宜蘭縣動植物防疫所
• 花蓮縣動植物防疫所
• 臺東縣動物防疫所

澎湖群島地區

• 澎湖縣家畜疾病防治所

福建省地區

馬祖列島

• 連江縣政府建設局

金門群島

• 金門縣政府動植物防疫所